Управление АНО ДПО "Институт ПК и ПП "Эйдос" осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом образовательной организации.
В управлении школой сочетаются принципы единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом АНО ДПО "Институт ПК и ПП "Эйдос" является руководитель учреждения – директор.
Коллегиальными органами управления АНО ДПО "Институт ПК и ПП "Эйдос" являются Общее собрание работников и Педагогический совет.